Если command.sh - исполняемый файл, то все, что вам нужно, это:
#!/usr/bin/perl
system("/path/to/commands.sh")
Если для command.sh не установлен флаг исполняемого файла, то
#!/usr/bin/perl
system("/bin/csh /path/to/commands.sh");
Весь остальной код представляется излишним.