В случае, если кто-нибудь еще столкнется с этой проблемой, я смог обойти эту проблему без переустановки anaconda, выполнив следующие действия:
Сначала удалите conda-canary
из ваших закрепленных пакетов:
$ conda config --system --remove pinned_packages conda-canary::conda
Затем обновите conda, как обычно:
$ conda update conda
Из того, что я могу сказать до сих пор, это не имело никаких непредвиденных последствий и должно быть проще, чем удаление и переустановка anaconda.