Вторая часть вашего запроса не нужна: просто используйте предоставленный список.
q = """DELETE FROM my_table
WHERE id in ({})""".format(list_of_ids_to_be_deleted)
Возможно, вам придется создать ввод через запятую, аналогично
q = """DELETE FROM my_table
WHERE id in ({})""".format(','.join(map(str, list_of_ids_to_be_deleted)))