Как просто управлять куки, я думаю, вы можете посмотреть здесь: ссылка
Я думаю, это довольно просто (псевдокод):
if (getCookie("popup") doesnt exist OR is set to 0)
showPopup();
setCookie("popup",1);
else
destroyPopup();
endif
Вы также можете использовать этот простой способ для обработки нескольких всплывающих окон.
Если вы используете PHP, вы можете использовать $ _ COOKIE вместо функции javascript.
Надеюсь, это поможет.