У меня была такая же проблема некоторое время назад, и в итоге мне удалось удалить numpy and scipy, загрузить правильное 64-битное колесо из веб-сайта gohlke , а затем переименовать файл *win64.whl
до *win32.whl
По какой-то причине при установке Numpy с MKL pip не удалось определить правильную архитектуру.
Перед тем как сделать это , я рекомендую вам просто попытаться обновить pip до последней версии (10.1) и попробовать установить нормально (этот отчет о проблеме выглядит связанным: https://bugs.python.org/issue18987).
Также важно установить Numpy + MKL до Scipy.
Надеюсь, это поможет.