По моему опыту, H2 отлично работал для небольших встроенных баз данных. В какой-то момент, хотя (300 МБ в моем случае) он стал все медленнее, и я был вынужден заменить его на не встроенный - PostgreSQL - который решил все эти проблемы. Это решение было доступно мне, так как встроенная база данных не была для меня жестким требованием.
Сказав это, база данных на 50 МБ не так уж велика. Раньше было, но современные машины должны поддерживать этот размер довольно хорошо. Может быть, сама машина небольшая или перегружена процессором или памятью?