Это будет тяжелая работа для вас. Самый простой способ - удалить все файлы вместе, а затем начать фиксировать их один за другим в соответствии с историей. каждый раз, когда вы делаете коммит, используйте
git commit --date="Wed Feb 16 14:00 2011 +0100" -m "Whatever"
это будет несколько утомительно.
Другой вариант - перейти к каждому коммиту, кто-то добавил файл, и открыть там ветку. Измените имя файла на окончательное с помощью git mv
, затем в основную ветвь добавьте новую ветвь. Это создаст извилистое дерево, но сохранит историю.