Также важно, что вы используете для редактора комментариев. Если вы используете стандартное текстовое поле, тогда да, nl2br - это то, что вы ищете. Если вы собираетесь продвинуться немного дальше, например, с помощью редактора WYSIWYG, например tinyMCE, то у него есть конфигурация, которая сможет это сделать.