R так же, как FORTRAN начинает индексирование с 1.
Вы не можете изменить созданный индекс R, но вы можете создать свой собственный столбец индекса, связанный с этим вектором:
id <- 0:(length(E(graph)$weight - 1)
При необходимости вы можете добавить этот вектор id к вашему объекту R и использовать его для подмножества вашего исходного вектора, но вам все равно нужно будет добавить 1 к id для подмножества i.