Предполагая, что вы используете функцию PHP setcookie (), убедитесь, что домен и путь для cookie заданы правильно. Проверьте PHP документацию для функции для получения дополнительной информации.
Я мог бы точно сказать вам, если бы у меня было немного больше информации. Можете ли вы предоставить больше информации, не ставя под угрозу слишком много о проекте? Как насчет URL-адресов серверов разработки, промежуточных и рабочих серверов или хотя бы примеров того, на что они могут быть похожи?
Редактировать
Исходя из информации, предоставленной вами в вашем комментарии, я бы рекомендовал вам использовать HTTP_HOST вместо SERVER_NAME. SERVER_NAME может показывать вам странное значение в зависимости от настроек вашего виртуального сервера. Ваш путь может быть не совсем правильным - попробуйте '/', и он должен быть доступен независимо от того, в каком подкаталоге находится пользователь.
Также
$this->controller->base
заставляет меня думать, что вы можете использовать CodeIgniter или Kohana. Если это так, вы можете рассмотреть возможность использования их помощников cookie.