Проблема возникает из-за того, что элементы в x-axis
не отсортированы.
Рассмотрим следующий пример:
import matplotlib.pyplot as plt
x = [20, 5, 10, 30]
y = [1, 2, 3, 4]
plt.plot(x,y)
plt.show()
, что приводит к:

вместо:

Итак, вам просто нужно отсортировать их.