Вы должны быть в состоянии заставить пакетный файл продолжать работать, выполнив скрипт Python с помощью команды Windows start
.
Так что в вашем случае командный файл должен выглядеть примерно так:
@echo off
:: do something here
rem Run python script in the backgroud
start "title" /b pythonw xx.py
:: do some more stuff...