Сначала создайте свой корневой игровой объект, который вы превратите в префаб.
Чтобы добавить объекты, являющиеся дочерними, щелкните правой кнопкой мыши корневой объект и затем сделайте дочерние. Вы также можете перетащить другие игровые объекты на корневой игровой объект, чтобы сделать их дочерними для корневого игрового объекта.
Наконец, перетащите ваш последний префаб в окно, где находятся все ваши файлы, и получающийся префаб будет иметь потомков.
Если вы хотите изменить префаб после его создания, вы должны изменить один объект, полученный из вашего префаба, и после его изменения нажмите кнопку Применить в верхней части окна Инспектора, чтобы применить это изменение ко всем другим объектам, полученным в результате тот же сборный.