Вам необходимо создать дескриптор этой функции и сохранить его где-нибудь, где ее можно будет оценить.
например. в функции открытия GUI1 (где hObject - объект / дескриптор фигуры GUI1):
func.myFun1=@myFun1;
func.myFun2=@myFun2;
setappdata(hObject,'fun_handles',func);
затем в GUI2 вы можете восстановить дескрипторы с помощью func=getappdata(GUI1_figure,'fun_handles');
, где GUI1_figure
- объект фигуры GUI1. Объект рисунка может быть либо сохранен, когда GUI смазан (например, если GUI2 всегда создается из GUI1, передать объект в качестве аргумента и сохранить его где-нибудь), либо найти с чем-то вроде findobj(0,'-depth',1,'Tag','tag_of_GUI1_figure')