Я пытаюсь использовать tSNE на матрице генной экспрессии, которая имеет следующие размеры: 7x5000. Я удалил низкую дисперсию, низкую экспрессию и дублированные значения:
ENSMUSG00000022037 ENSMUSG00000064351 ENSMUSG00000047517 ENSMUSG00000101111
852_1 18.04494 16.58238 14.760356 14.72078
852_2 18.33979 16.08849 15.846886 14.13721
852_3 17.27803 16.63105 13.483438 14.78686
852_4 18.08123 16.17240 13.854479 13.97815
853_1 15.87570 16.43745 10.016808 14.47457
853_2 14.13963 18.19087 8.654636 16.73305
853_3 17.95099 16.66351 17.109841 14.49093
Вот как я запускаю tSNE:
tsne_out <- Rtsne(mat, dims = 3)
Но это дает мне следующую ошибку:
Error in Rtsne.default(unique(t(highly_variable)), dims = 3) :
Perplexity is too large.
Может кто-нибудь посоветовать, что я делаю не так?
Спасибо!