Основной целью соли является предотвращение использования радужных таблиц при взломе хэшей паролей - без использования соли можно просто использовать предварительно сгенерированную таблицу обратного просмотра, чтобы найти хэш и сразу узнайте, какой пароль скорее всего его сгенерировал.
С солью подход радужной таблицы потерпел поражение, потому что отображение хэшей на пароли совершенно отличается для этой конкретной соли - и, следовательно, нужно будет генерировать радужные таблицы индивидуально для каждого значения соли (и времени, которое требуется для генерации Радужные таблицы пропорциональны времени, которое потребовалось бы для грубой форсировки хэша без помощи радужного стола в первую очередь).
Поскольку соль служит для того, чтобы запретить использование предварительно сгенерированной радужной таблицы независимо от того, знает ли злоумышленник конкретную соль для записи данного пользователя или нет, нет реальной причины хранить ее отдельно, если Вы используете уникальные соли для каждой записи.