Я думаю, это тот же вопрос, что и на github: https://github.com/highcharts/highcharts/issues/8548
Вероятно, это вызвано анимацией - по умолчанию длительность анимации составляет 1 секунду. Если вы обновляете график каждые ~ 100 мс, то также меняйте продолжительность анимации:
this.ecgChart.series[0].addPoint([xAxisPoint, iy], true, true, { duration: 95 });
Примечание:
Продолжительность анимации должна быть меньше интервала обновления, поэтому мы уверены, что анимация закончится.