Как сказал Дэвид, по умолчанию шифрование паролей отсутствует, используйте https для шифрования.
Чтобы сохранить пользователя в системе, на странице входа проверьте его пароль в сравнении с тем, что хранится в базе данных. Вы должны хешировать свои пароли и хранить хешированный пароль в базе данных (см. crypt ). затем, когда пользователь входит в систему, хэшируйте пароль от пользователя и сравнивайте его с хешированным паролем в базе данных. Когда они совпадают, войдите, иначе вход не удастся. Если ваш БД скомпрометирован, по крайней мере, у него нет паролей.
Чтобы пользователь оставался в системе, после того, как вы проверили пароль, установите переменную в сеансе, т.е.
$_SESSION[loggedin] = true.
При каждом запросе проверяйте эту переменную сеанса и, если она истинна, разрешите доступ к странице, если она ложна, перенаправьте пользователя на страницу входа с помощью
header("Location: /login.php");