В IBM UrbanCode Deploy у вас нет встроенной функции, которая поможет вам создать пакет MSI. Доступен плагин, но он позволяет только запускать, устанавливать и удалять MSI.
Для сборки пакета MSI вам нужно будет использовать командную строку и вызвать этот скрипт из uDeploy, используя шаг сценариев оболочки. Еще один способ сделать это - создать собственный плагин uDeploy, который будет создавать пакеты MSI.