У меня была такая же проблема с findbugs несколько версий назад.
Сегодня я обновил плагин до версии 1.3.8 и обнаружил, что теперь вы можете экспортировать и даже импортировать отчеты в формате XML напрямую.
Все, что вам нужно сделать, - это щелкнуть правой кнопкой мыши по проекту либо в проводнике пакетов, либо в поиске ошибок «Исследователь ошибок» и выбрать «Найти ошибки -> Сохранить XML» или «Найти ошибки -> Загрузить XML».
Прекрасная функциональность экспорта и импорта для фантастического инструмента.
Кстати, я использую Eclipse 3.3.2.