Как я могу получить x11 () для rpy2 в среде Python? - PullRequest
Новая
       82

Как я могу получить x11 () для rpy2 в среде Python?

0 голосов
/ 30 августа 2018

Я пытаюсь построить простой график в Python 3, используя библиотеку rpy2: 

import rpy2.robjects as robjects

r = robjects.r

x = robjects.IntVector(range(10))
y = r.rnorm(10)

r.X11(1,1)

r.layout(r.matrix(robjects.IntVector([1,2,3,2]), nrow=2, ncol=2))
r.plot(r.runif(10), y, xlab="runif", ylab="foo/bar"

Но я получаю эту ошибку: 

/Users/Irbin/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: Error in (function (display = "", width, height, pointsize, gamma, bg,  : 
X11 is not available
warnings.warn(x, RRuntimeWarning)---------------------------------------------------------------------------
RRuntimeError                             Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-bdd0b9cb9184> in <module>()
----> 1 import codecs, os, ast;__pyfile = codecs.open('''/var/folders/7q/2v_j6pcx0bb9jq2r_4b2b30w0000gn/T/pyDtdUIr''', encoding='''utf-8''');__code = __pyfile.read().encode('''utf-8''');__pyfile.close();os.remove('''/var/folders/7q/2v_j6pcx0bb9jq2r_4b2b30w0000gn/T/pyDtdUIr''');__block = ast.parse(__code, '''/Users/Irbin/Downloads/scratch.py''', mode='exec');__last = __block.body[-1];__isexpr = isinstance(__last,ast.Expr);__block.body.pop() if __isexpr else None;exec(compile(__block, '''/Users/Irbin/Downloads/scratch.py''', mode='exec'));eval(compile(ast.Expression(__last.value), '''/Users/Irbin/Downloads/scratch.py''', mode='eval')) if __isexpr else None

~/Downloads/scratch.py in <module>()
  6 # r Into (run inside sub codes)
  7 
----> 8 
  9 import pdb
 10 

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/functions.py in __call__(self, *args, **kwargs)
176                 v = kwargs.pop(k)
177                 kwargs[r_k] = v
--> 178         return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
179 
180 pattern_link = re.compile(r'\\link\{(.+?)\}')

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/functions.py in __call__(self, *args, **kwargs)
104         for k, v in kwargs.items():
105             new_kwargs[k] = conversion.py2ri(v)
--> 106         res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
107         res = conversion.ri2ro(res)
108         return res

RRuntimeError: Error in (function (display = "", width, height, pointsize, gamma, bg,  : 
X11 is not available

Я его погуглил и понял, что X11 необходим на OSX для графики. Когда я проверяю это с помощью rpy2, я получаю следующее: 

print(robjects.r("capabilities()"))

jpeg         png        tiff       tcltk         X11        aqua 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE       FALSE        TRUE 
http/ftp     sockets      libxml        fifo      cledit       iconv 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE 
NLS     profmem       cairo         ICU long.double     libcurl 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE

Что указывает на то, что X11 () недоступен (FALSE), но если я запускаю native R и кодирую, будет доступна та же инструкция X11 (), как вы можете видеть: 

capabilities()

jpeg         png        tiff       tcltk         X11        aqua 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE 
http/ftp     sockets      libxml        fifo      cledit       iconv 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE       FALSE        TRUE 
NLS     profmem       cairo         ICU long.double     libcurl 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE

Итак, как я могу получить x11 () для rpy2 в среде Python?

Спасибо

1 Ответ

0 голосов
/ 16 октября 2018

X11 работает на моей стороне.

Всякий раз, когда вы наблюдаете различия между R в rpy2 и "обычным R в системе", это часто означает, что используются разные установки R.

Есть небольшой служебный модуль, который сообщает пользователю больше о том, какой R rpy2 использует: 

python -m rpy2.situation

Это соответствует R, у которого есть x11?

...