Если я правильно понимаю вашу проблему, одним из способов решения этой проблемы будет добавление псевдонимов разрешения в конфигурации веб-пакета.
const webpack = require('webpack')
const path = require('path')
const webpackConfig = {
resolve: {
alias: {
src: path.resolve(__dirname, 'src')
},
},
...
}