Обычно я рекомендую размещать Jenkinsfile в том же хранилище, что и ваш исходный код. Только так у вас будет объединенная история, так что будет намного проще воспроизвести более старую сборку, скажем, год назад.
Однако, если вы все еще хотите перейти к разделению: шаги git / checkout обычно имеют возможность добавить ловушку в Jenkins, так что задание будет автоматически запускаться при изменениях.
Если я правильно понял ваш сценарий использования, Jenkinsfile перейдет в стабильное состояние. Если оно стабильно, оно не изменится. Когда нет никаких изменений, это не вызовет работу, верно?
Если этого по-прежнему недостаточно, я думаю, мне нужно больше подробностей о том, чего вы пытаетесь достичь и почему.