Можно получить те же результаты, что и ваш пример кода, в одну строку, написав
Time(:,2:end) = bsxfun(@plus,Time(:,1), (1/(Fs*1000)) .* (1:size(Time,2)-1));
Если у вас более новая версия Matlab (> = r2016b), вы можете использовать неявное расширение Matlab и просто написать
Time(:,2:end) = Time(:,1) + (1/(Fs*1000)) .* (1:size(Time,2)-1);
Но, по крайней мере, на моем компьютере я не вижу никакого улучшения производительности, используя эту векторизацию вместо вашего цикла. Компиляция JIT со временем стала немного лучше, поэтому было бы интересно узнать, какую версию Matlab вы используете.