Насколько я знаю, не существует программного обеспечения, которое позволяло бы Visual Studio генерировать исполняемые файлы, отличные от Windows.
Если это собственный исполняемый файл (не .NET), вы можете попробовать запустить его под WINE и посмотреть, работает ли он. Если этого не произойдет, я могу предположить, что можно либо заставить его работать с WINE, либо посмотреть, сможете ли вы создать его как собственное приложение для Linux. Последнее будет довольно болезненно, если это приложение с графическим интерфейсом, и я бы спросил, стоит ли оно того. Портирование приложения командной строки может быть выполнимо, но не стоит недооценивать вовлеченную работу.