Может быть много причин, почему это происходит. Используйте следующее в любой функции, которую вы хотите закрыть ВСЕ (из вашего вопроса, я предполагаю, что вы хотите это сделать) в вашей программе:
sys.exit() #if this doesn't work, "import sys" first
Дайте мне знать, если это тоже не сработает (должно быть).