Вам нужно объединить массив args в строку (хотя этот метод, скорее всего, потеряет кавычки):
file.Write(string.Join(" ", args.Skip(2)));
В качестве альтернативы вы можете заключить строку в командную строку:
program.exe create test.txt "hello this is a message"
Кроме того, если вы хотите добавить к файлу с помощью последовательных вызовов, вам нужно открыть поток следующим образом:
using (StreamWriter file = new StreamWriter(args[1], true))
Это означает, что вы хотите добавить режим, а не создавать / заменять.