Я предполагаю, что это на диске D :. используйте cd /d
см. cd /?
для причины.
@echo off
cd /d "D:\postgresql-9.6.0-1-windows-x64-binaries\pgsql\bin"
start "" "pg_ctl" start -D "D:\pg_data\data"
echo server started
pause
измените на start "" /wait
, если вы хотите дождаться запуска службы, прежде чем вы откроете ее.