Как правило, вы можете контролировать столбец, на котором отображается узел: https://codepen.io/anon/pen/OErjZg, используя nodes
опции:
Highcharts.chart('container', {
series: [{
keys: ['from', 'to', 'weight'],
nodes: [{
id: 'KO',
column: 3
}],
data: [
['start', 'hello', 70],
['start', 'world', 20],
['start', 'yuhu', 10],
['hello', 'aaa', 49],
['hello', 'bbb', 21],
['bbb', 'OK', 21],
['world', 'OK', 30],
// up to now everything is OK
// yuhu and aaa should be at the same level as OK
['yuhu', 'KO', 10],
['aaa', 'KO', 49]
],
type: 'sankey',
}]
});