Сообщение об устаревании отображается, потому что в вашем файле fs.writeFile отсутствует один аргумент, данные для записи в файл:
let fs = require('fs');
fs.mkdir('stuff', () => {
fs.readFile('readMe.txt', (err, data)=>{
if (err) {
throw err;
}
console.log(data.toString());
fs.writeFile('./stuff/writeMe.txt', 'test string to write', (err, data) => {
if (err) {
throw err;
}
console.log(data);
});
});
});
Без данных для записи ведьма не является обязательной, аргумент обратного вызова отсутствует.