Нет, вам не нужны специальные пакеты для чтения простых текстовых CSV-файлов в R.
Глядя на ваше сообщение об ошибке:
Предупреждающее сообщение: В файле (file, "rt"): не удается открыть файл '[filename] .csv': такого файла или каталога нет
Я полагаю, что проблема в вашем пути к рассматриваемому файлу. В качестве быстрого решения вы можете попробовать использовать полный путь к вашему файлу. Например, в Windows вы можете попробовать это:
data <- read.csv(file="c:/path/to/filename.csv", header=TRUE, sep=",")
Если это работает, то проблема заключалась в расположении вашего CSV-файла. Затем, если вы хотите продолжить использовать относительный путь, вам придется выяснить, что это даст для вашей текущей настройки R.