Если в каталоге lib и в app.yaml есть другая версия библиотеки, то в каталоге lib будет та, которая будет доступна вашему приложению.
Итак, по сути, ваше приложение будет использовать шесть 1.11.0. Вы можете проверить это, войдя в систему six.__version__
и узнав, какую версию вы получите.
Чтобы избежать путаницы, я бы, вероятно, удалил шесть записей библиотеки в app.yaml.