Я вижу две разные проблемы здесь:
Слияние удаленных работ
Это определенно не проблема для Github. Я видел подобные проблемы с людьми (включая меня), которые еще не были обучены правильному использованию Git.
Я настоятельно советую вам и всем членам вашей команды внимательно прочитать git book , по крайней мере, первые главы. Сначала это может вызвать у вас головную боль, как и у меня, но я действительно сразу почувствовал пользу.
Также имейте в виду, что слияние работ, выполненных двумя разными людьми в одном файле , очень трудоемко и подвержено ошибкам. Поэтому постарайтесь организовать свой проект и свою команду так, чтобы это происходило как можно реже.
Иметь рабочий процесс, который соответствует вашей команде и ситуации
Этот вопрос очень широкий. Вы можете прочитать это в качестве отправной точки.