PHP - это серверный язык - вы генерируете HTML / JS из него, браузер не видит PHP, потому что он интерпретирует фактический файл, выводимый PHP / сервером.
Возможно, вам нужен метод window.confirm:
var continueOn = window.confirm('proceed?');
if ( continueOn ) {
alert('go on');
} else {
alert('exit');
}