Поскольку у вас включен подключаемый модуль SpringBoot, стандартным поведением является создание исполняемого файла jar (fat-jar), содержащего все зависимости, с помощью задачи bootJar
.
Вы все еще можете сгенерировать одну "стандартную" банку, если вам нужно, это объясняется в документации: Плагин Spring Boot Gradle
jar {
enabled = true
}
bootJar {
classifier = 'boot'
}