Хорошая практика - обеспечить правильную точку входа. Используется во время разрешения модуля. То, что вы называете «приложением», на самом деле является пакетом Node. В какой-то момент он может быть использован как таковой, например, в качестве вложенного приложения внутри другого приложения.
Распространенным случаем, когда это применимо, является тестирование, когда корневой модуль должен быть импортирован:
тест / app.spec.js
const appInstance = require('..');