Похоже, что грядущее обновление метеора исправит это.
Я обновился до последней беты:
meteor update --release 1.7.1-beta.10
перезапустил метеор с профайлером:
VELOCITY_DEBUG=1 VELOCITY_DEBUG_MIRROR=1 METEOR_PROFILE=1 meteor --inspect | grep 'less\|Total'
и теперь плагин less занимает менее 1 секунды при сохранении файла
и общее время восстановления находится в пределах разумного:
| │ │ ├─ plugin less 45 ms (2)
| (#5) Total: 4,270 ms (Rebuild App)