Единственная папка, которую Visual Studio Setups (и большинство других тоже) позволяет вам выбрать, это папка приложения, которая по умолчанию имеет значение Program Files.
Это действительно не стоит делать то, что вы просите, потому что:
Зачем заставлять пользователя выбирать папку и усложнять настройку, чтобы сообщить приложению, где она находится?
Что если пользователь выберет папку, к которой приложения не смогут получить доступ, если вы хотите разрешить приложению ограниченное количество пользователей? Или место, в котором происходит сбой установки?
Лучше просто выбрать наиболее разумное рабочее место, которое вы можете тщательно протестировать с приложением, и это AppDataFolder, если оно является частным для приложения. Это папка данных приложения пользователя в представлении файловой системы проекта установки.
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/desktop/Msi/appdatafolder
Тогда приложение автоматически знает, где оно находится, и все просто работает.
Настройки VS не поддерживают то, что вы просите, другие инструменты делают, но, опять же, обычно настройки просто устанавливают файлы в соответствующие папки, которые заставляют приложение работать. Кстати, пользовательские действия не будут делать этого, потому что все пользовательские действия VS запускаются после установки файлов.