Как правило, лучше оставить установку Python вашей операционной системы в одиночку, поскольку она может использоваться для системных зависимостей. Установите чистую версию Python с pyenv и / или используйте virtualenv / Pipenv для разработки.
Команда pip3 в трассировке стека находится в двоичном пути системы и, таким образом, вероятно, была установлена менеджером пакетов вашей операционной системы. Он будет ожидать более старую версию pip, которую вы удалили, обновив ее.
В качестве временного решения попробуйте запустить /usr/local/bin/pip3
.