Атлас поможет вам отслеживать происхождение.
Если у вас сначала есть кластер без атласа, происхождение просто не отслеживается, поэтому установка его позже не сделает его исторически доступным.
Однако после установки Atlas связь между новыми таблицами, созданными на основе других таблиц, должна стать ясной.
Вкратце: если вы заботитесь о происхождении, лучше всего установить Atlas, прежде чем запускать кластер в производство.