Если это действительно подмодуль, то есть в вашем репозитории GitHub также есть .gitmodules
файлы, записывающие связанный путь этого подмодуля, см. мой ответ здесь :
1. git submodule deinit -f -- a/submodule
2. rm -rf .git/modules/a/submodule
3. git rm -f a/submodule
Затем зафиксируйте и нажмите
Но если это простая gitlink , отображаемая в GitHub в виде серой папки, , как показано здесь , то просто удалите ее локально и нажмите:
git rm -f a/submodule
git commit -m "remove submodule gitlink"
git push