Был хитрость, которая обычно использовалась для размещения элементов div над нативными элементами в IE. Вы помещаете прозрачный iframe, в котором ничего нет, под div, который вы пытаетесь поднять;
<!-- windows forms garbage here -->
<iframe id="underlay" src="javascript:false" frameborder="0" style="Alpha(style=0,opacity=0)"></iframe>
<div id="overlay"></div>
Это подтолкнет оверлей к новому слою directx (не путать со слоем браузера, то есть с z-index).
РЕДАКТИРОВАНИЕ: Обнаружено, почему это не сработало: "Другой метод, использующий атрибут ALLOWTRANSPARENCY элемента IFRAME, на самом деле относится к тому, чтобы сделать фон внутренней страницы IFRAME прозрачным, чтобы любой контент внутри IFRAME может иметь прозрачность. Однако этот режим меняет природу IFRAME и больше не служит нашей цели для блокировки оконных элементов управления . "
Исправлено использование альфа-фильтра для эффекта прозрачности вместо ALLOWTRANSPARENCY.