Создание файлов в коде R

Question

Я пишу код R, который использует инструменты командной строки.

Эти инструменты создают временные файлы, необходимые для выполнения кода, этот код будет передан другим пользователям для использования.

Мой вопрос заключается в том, что является наиболее подходящим способом обработки этих файлов через R, особенно если этот код будут использовать другие пользователи, и я не хочу перезаписывать существующие файлы пользователей.

Должен ли я создать специальный каталог для сохранения этих файлов? И это хорошая идея для реализации инструментов командной строки в коде R?

Я использую kentUtils bedToPsl, поэтому создается файл psl, а затем я использую pslMap, поэтому вывод pslMap mapInfo также сохраняется в другом файле.

Меня интересуют только результаты mapInfo, а не других созданных файлов.

Answer 1

Если бы это был я, я бы создал две директории workspace/temp и workspace/output с этими командами:

    dir.create("./temp")
    dir.create("./output")

(Вы можете сделать это более элегантно, но я не вижу смысла в двух строках.)

Из R вы можете обращаться к файлам с помощью команд, таких как file.exists("./output/foo.msl"). Вот документация . Если вы используете эту относительную адресацию, вы можете переместить код, и он все равно будет работать.

Значение temp заключается в том, что после сеанса все содержимое может быть удалено. Вы можете поставить mapInfo в выходной каталог.

В зависимости от того, кто использует ваш код и данные, вы можете изменить права доступа к различным каталогам. Ваш пробег зависит от того, работаете ли вы в Windows, Mac или UNIX-подобной среде.