Внутренне я считаю, что Google использует Eclipse, работающий на Ubuntu для разработки под Android, так что это было бы вашим лучшим выбором, если вы абсолютно не хотите избегать всех потенциальных проблем. Конечно, это невозможно, и на самом деле вы должны просто использовать все, что вам удобно.