Да, только angular-cli.json ссылается на него для обработки запуска приложения.
main.ts - это не модуль, а простой скрипт-файл, который выполняется сверху вниз и может иметь любое другое имя файла.
Единственное, что влияет на него как файл .ts, это tsconfig.json, который обрабатывает перенос в javascript. но это происходит по шаблону имени файла * .ts, а не по ссылке на файлы по отдельности.