Это выглядит слишком сложно для меня. Я не уверен, что вы пытаетесь сделать.
Если база данных не совсем массивна (более 100 тыс. Сообщений), вам, вероятно, не составит труда написать короткий сценарий для этого.
$file = fopen("skus.csv","w");
$orders = wc_get_orders();
foreach ( $orders as $order ) {
$items = $order->get_items();
foreach ( $items as $single_item )
fputcsv($file, get_post_meta( $single_item->ID, '_sku', TRUE) );
}
В качестве альтернативы, если вам нужно остаться в базе данных, разделите вашу команду на три части.
Пусть первая часть вставит результаты в новую таблицу в новую таблицу.
Тогда делай остальные части из своих.