numpy
решение быстрее - сначала создайте массив, а затем отфильтруйте:
arr = df['age'].values
not99 = arr != 99
mean_for_age = arr[not99].mean()
Но если вам нужно общее решение для возможного выбора другого столбца, используйте ваше решение:
not99 = df['age'] != 99
mean_for_age = df.loc[not99, 'age'].mean()
mean_for_age = df.loc[not99, 'another col'].mean()
Сроки (зависит от данных, лучший тест с реальными данными):
data = {'age': [99,45,34,32,34,67,5,6,7,8,3,5]}
df = pd.DataFrame(data, columns = ['age'])
df = pd.concat([df] * 10000, ignore_index=True)
In [14]: %%timeit
...: arr = df['age'].values
...: not99 = arr != 99
...:
...: mean_for_age = arr[not99].mean()
...:
496 µs ± 36.1 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000 loops each)
In [15]: %%timeit
...: not99 = df['age'] != 99
...: mean_for_age = df.loc[not99, 'age'].mean()
...:
1.82 ms ± 40.4 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000 loops each)
In [16]: %%timeit
...: df.query("age != 99")['age'].mean()
...:
4.26 ms ± 40.5 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)