Не могу еще прокомментировать:
вы можете установить их через nuget:
PM> Install-Package System.Data.SQLite
используйте -Version 1.0.66
для указания конкретной версии, например, 1.0.66
Еще несколько вопросов, чтобы понять вашу среду:
- Вы добавили / установили пакет SQLite в свое решение?
- копируются ли скомпилированные dll в вашу выходную папку при сборке?
- Дважды проверьте настройки проекта, чтобы убедиться, что они не помечены как отсутствующие?