Это то, что вы хотите:
for( i = 0,j = 0 ; i < 3 && j<3; i++ , j++ )
{
/* your code */
}
Это должно работать нормально, если вы хотите использовать две переменные в одной для цикла.
Таким образом, и i, и j будут инициализированы равными 0, и оба с увеличением на 1 и условием меньше, чем будет проверять предел для обеих переменных
Если вы хотите перебрать два массива, вы можете сделать что-то вроде этого:
int[] arr1 = new int[]{1,2,3,4,5};
int[] arr2= new int[]{6,7,8,9,0,11};
for( i = 0,j = 0 ; i< arr1.length && j<arr2.length; i++ , j++ )
{
System.out.println(arr1[i] + " " +arr2[j]);
}