Файлы Makefile.in, сгенерированные Automake, являются шаблонами для Make-файлов, которые в конечном итоге должны быть сгенерированы во время сборки при запуске configure. * Таким образом, они в основном записываются в make язык - они очень похожи на файлы Makefile, сгенерированные из них, - но они допускают, и на практике они всегда содержат несколько токенов для configure для замены значениями, которые он выбирает.
Если вы хотите, чтобы язык, на котором записаны файлы Makefile.in, отличались от языка make, это неназванный пользовательский язык шаблонов, специфичный для Autotools. С этой точки зрения, это ни в коем случае не ограничивается Makefile s, и только из-за их роли файлы Makefile.in оказываются настолько похожими на Makefile s.
* Технически, configure пишет другой сценарий оболочки, config.status, который выполняет фактическую обработку шаблона.